实验中心实行主任负责制及校、院两级管理模式。中心严格贯彻学校的一系列管理规章制度。各实验室有专职的负责人和管理人员，职责分工明确。制定了详细的安全保障、仪器设备管理、环境卫生、安全应急预案等管理制度，并且认真执行。不仅做到制度上墙，而且实行人员岗位责任制，坚持定期自检、自查，做到有章可循。实行学生实验登记制度，并在工作中不断完善，这些制度实施使各项工作有章可循，对提高教学质量及实验室管理水平均起到了至关重要的作用。

实验中心严格遵守学校的设备仪器管理制度，所有固定资产设备仪器均有明确的账目，与实物一一对应，并实现信息化管理。各实验室负责人具体管理各室仪器设备，仪器说明书及其它有关资料有完整的技术档案，负责人予以妥善保管，大型设备档案在学校档案室均有存档。

各实验室对各自使用的低值耐用品亦有详细记录。对于大型设备使用，采用专人管理制度，负责其教学和日常的维护，并有开机和运行状态的使用记录。由于实验室专职人员的认真负责，在教学实验中仪器设备很少有损坏和重大故障的情况，仪器设备总的完好率不低于98 %，近年来新购置的仪器保持完好。

中心要求指导教师必须能够正确使用设备，加强设备的维护保养，学校实验管理处也不定期的举办通用设备的使用维护保养培训班，提高设备使用人员的能力和水平。

学校每年都拿出数十万元的维修经费，由实验管理处负责全校的设备维护维修的管理和执行，各基层单位网上填报维修表，实验管理处就会上门解决设备维护维修的问题。基本耗材费用由学校根据年度基本消耗情况下拨到各学院，从经费方面保证了设备的良好运行。